Le origine dell’abitato risalgono all’IX secolo, facendo del paese uno dei antichi del ferrarese. La sua pieve risulta presente già nel 1044, probabilmente legata all’Esarcato di Ravenna, come dimostrerebbe la sua antica titolazione a Sant’Apollinare, santo molto venerato nella città dei mosaici.
Nel XIII secolo Tresigallo è citato come un borghetto di poche case circondato da paludi; tuttavia nel periodo la pieve fu retta Giovanni da Gaibana, che divenne un rinomato calligrafo nel capitolo della Cattedrale di Padova.
La presenza di vaste paludi oltre l’argine del fiume Finale ad ovest di Tresigallo è forse all’origine del nome del paese: transcalem significa infatti al di là dell’argine.
Con la dominazione estense cominciò un periodo di grandi bonifiche; in particolare sotto il ducato di Alfonso II, la bonifica partì proprio da Tresigallo e coinvolse le principali famiglie nobili ferraresi. Nel 1517 venne dato il via alla costruzione del Palazzo Pio, principale monumento antico del territorio.
Nell’Ottocento fu avviato il progetto della grande bonifica ferrarese, che comportò nuove terre per l’agricoltura e una nuova prosperità economica per tutta la provincia.
Durante gli anni ‘30 il paese fu completamente rifondato, seguendo i principi dell’architettura razionalista. Ad oggi è uno dei pochi esempi di città di rifondazione rimasti in Italia.