La primitiva chiesa fu costruita nel 1588 per ordine della Confraternita dei Battuti Bianchi, uno dei molti ordini laici dedito all’autoflagellazione e ad opera di carità, a sostituzione del loro precedente piccolo oratorio. Non sappiamo chi fosse l’architetto, conosciamo però l’autore delle decorazioni interne, ovvero quel Marco Nicolò Balestri autori del Trittico dedicato al Battista, esposto in Pinacoteca. Oltre alla decorazione era presente anche un coro ligneo, e un soffitto interamente affrescato
L’intera decorazione, purtroppo andò distrutta durante la seconda guerra mondiale, e mai recuperata. Dopo la guerra la chiesa fu frazionata e modificata, diventando prima un maglificio femminile e poi sede scolastica; attualmente, però, è al centro di un progetto di riqualificazione dell’intera area.
Si può visitare solo l’esterno.