Con l’ingresso dei frati Cappuccini a Ferrara nel 1537, cominciò un’opera di diffusione dell’ordine in tutto il territorio estense, e arrivarono ad Argenta verso il 1547. L’attuale complesso dei Cappuccini fu iniziato nel 1568, e tutt’ora presenta l’aspetto originale, cosa alquanto rara ad Argenta. L’intero complesso si presenta al visitatore come un’insieme di edifici molto semplici, con facciate lineare e a mattoni in vista, senza elementi decorativi.
Tra il XVIII secolo e il XIX, il complesso perse progressivamente la sua natura religiosa. All’inizio furono le soppressione degli ordini religiosi a scacciare i Cappuccini dal paese; poi, fu il neonato stato italiano, con le leggi eversive e la confisca dei beni ecclesiastici, a causare il definitivo abbandono dei frati. Da quel momento il complesso fu trasformato in ospedale, il quale fu attivo fino al 1939, quando fu aperto il nuovo nosocomio; subì una nuova trasformazione in casa di cura, a l’intero complesso andò in rovina con rapidità. Solo nel 1983 chiesa e convento furono recuperati, e da allora sono la sede della biblioteca comunale e dell’archivio storico.